Après la lecture d'un tel ouvrage, le philosophe s'est dès lors minutieusement penché sur les « Correspondances » de Freud et les témoignages des personnes qui côtoyèrent régulièrement ce dernier, notamment celui de son employée de maison, Paula Fichtl, qui fut pendant cinquante-trois ans au service des Freud, recueilli et publié sous le titre « La Famille Freud au jour le jour » par Detlef Bertehlsen. De fait, la démarche de Michel Onfray est à la fois celle d'un historien et d'un sémioticien, dans la mesure où sa lecture apporte un double éclairage ; d'une part, sur la vie de Freud et, d'autre part, sur l'articulation et le sens de la pensée freudienne.

Il ressort de l'exégèse d'Onfray le portrait d'un homme, Sigmund Freud, adulé dès son plus jeune âge par sa mère, à laquelle il aurait consacré toute son existence, marqué également par l'obsession de la célébrité et, de ce fait, par l'inclination à extrapoler son cas au rang de doctrine universelle. Pour y parvenir, Freud aurait détruit ou encore falsifié les documents testimoniaux rendant compte de ses tâtonnements, de ses erreurs, participant de l'élaboration progressive de son oeuvre. On y découvre en outre un individu pris dans l'étau d'un véritable « roman familial » dont la trame très complexe demeure constitutive des schèmes majeurs, ou des topiques, de la psychanalyse : « De cette configuration familiale, subjective, personnelle, individuelle, Freud va, comme d'habitude, extraire des conclusions destinées à nourrir une théorie à prétention universelle. » Ainsi, le complexe d'OEdipe, le meurtre symbolique du père, deux notions fondamentales de la psychanalyse, seraient le fait des relations personnelles qu'entretenait le jeune Freud avec son cercle familial : « Il suffit que le père soit vieux, écrit Onfray, qu'il ait humilié son fils en prédisant qu'il ne ferait rien de bien, qu'il ait été le contraire d'un héros le jour d'une humiliation antisémite non vengée, qu'il ait infligé à son fils la blessure narcissique d'un petit frère, puis d'une petite soeur, dans ses toutes jeunes années, pour qu'on le punisse en l'imaginant trompé par son beau-fils, jeune, aussi fringant que sa mère, et qu'on théorise un jour pour l'humanité tout entière un "roman familial" devenu concept majeur de la psychanalyse... » Le parti pris scientifique contre la philosophie, et en particulier la philosophie de Nietzsche, est aussi une caractéristique de la personnalité de Freud, qui se définit lui-même comme un « conquistador » eu égard à ce domaine encore inexploré de la science que représente à ses yeux la psychanalyse et surtout aux motivations personnelles de l'homme qui verrait là une source non négligeable de profit : « Freud veut de l'argent et de la célébrité, il lui faut tailler la forêt en direction de cet eldorado. »

D'un autre point de vue, Michel Onfray déconstruit la pensée freudienne et remet en cause son étiologie sexuelle en alléguant sa dimension chimérique, qui repose principalement sur l'invention du schème de l'inconscient. Le philosophe s'interroge sur la validité d'un tel fait et, rapportant le propos de Freud qui le définit comme « le royaume de l'illogique », conclut à un ressort de la pensée magique, autrement dit à l'affabulation : « Puisqu'il s'occupe du royaume de l'illogique, il lui faut inventer une langue, un langage, un monde, un univers entier : une utopie conceptuelle, une atopie mentale, une uchronie verbale, et habiter cet imaginaire avec la candeur d'un enfant prenant ses désirs pour la réalité [...] Freud propose donc un monde avec sa langue, il la parle. »

Enfin, après avoir dépeint les dérives idéologiques qu'occasionna la théorie freudienne en son temps par le fait, entre autres, que le psychanalyste ne refusa pas de souscrire à la politique fasciste d'un Dollfuss ou d'un Mussolini, Michel Onfray nuance sa critique en reconnaissant que, malgré le nihilisme ontologique dont il fit preuve, Sigmund Freud est l'un des penseurs incontournables du XXe siècle, moins à décrier dans l'économie d'un discours dont la teneur est, quoi qu'en dise ce dernier, d'ordre philosophique, que dans son déni arbitraire conférant à la psychanalyse un statut scientifique, médical, sans lui reconnaître les qualités d'un art de la pensée reflétant a priori la pratique d'un langage de la subjectivité. Onfray se prononce à cet égard en faveur d'une critique de la psychanalyse telle qu'elle fut conçue par les tenants du freudo-marxisme et qui ont sa sympathie, à savoir : Wilhelm Reich, Erich Fromm et Herbert Marcuse ; mais également par des auteurs et philosophes comme Alain, Jaspers, Politzer, Sartre, Popper, Wittgenstein, Deleuze, Guattari, Derrida.